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        ChIP-seq染色質免疫沉淀測序

        作者:小編 更新時間:2022-05-07 點擊數:

          轉錄因子以及其他染色質相關蛋白對表觀遺傳有重要的影響。染色質免疫沉淀測序 (ChIP-sequencing,簡稱為ChIP-seq)是一種用于分析蛋白質與DNA交互作用的研究方法。該技術將染色質免疫沉淀 (Chromatin Immunoprecipitation, ChIP)與大規模并行DNA測序結合起來以鑒定DNA與相關蛋白結合的部位,可用于精確定位任意感興趣的蛋白在全基因組上的結合位點,如廣泛的應用于組 蛋白特異性修飾位點、轉錄因子結合位點等的研究。


                ChIP-Seq采用特異抗體對目的蛋白進行免疫沉淀,分離與目的蛋白結合的基因組DNA片段,對其進行純化和文庫構建,再通過高通量測序的方法,在全基 因組范圍內尋找目的蛋白的DNA結合位點,從而獲得全基因組范圍內與組蛋白、轉錄因子等互作的DNA片段信息。



        1、原始數據產出統計;

        2、與基因組比對(需甲方提供參考基因組信息,如hg19);

        3、比上的Reads在基因組各區域的分布;

        4、Reads相對TSS(transcript start site)、TTS(transcript terminal site)的depth分布;

        5、全基因組Peak Calling;

        6、基因組上檢測到的Peak統計分布(峰數目,峰間距,峰寬度等);

        7、每個樣本的檢測到的Peak在基因組各區域的分布情況;

        8、提供與樣本Peaks相關的基因列表;

        9、Peaks相關基因Gene Ontology功能分類;

        10、Case 相對control的差異peaks及其相關基因差異統計;


        1. 通量高

        2. 分辨率高,精確到單堿基水平

        3. 能發現已知啟動子以外的結合區域



        1、需提供至少2ng 樣品起始量的ChIP-seq建庫產品,要求ChIP片段長度200-500bp,為保證實驗質量及延續性,請一次提供至少2次樣本制備的量;

        2、樣品濃度和純度:基因組DNA樣品濃度>0.5ng/μl;OD260/280介于1.8-2.0,無肉眼可見污染;

        3、樣品保存:請選擇乙醇、純水進行保存,并在樣品信息單中注明;

        4、樣品運輸:請將樣品置于1.5ml管中,并用封口膜封好。



        研究背景

        鑒定轉錄因子的靶基因,對于揭示生物體中的調控網絡非常重要。干旱是植物常見逆境脅迫的一種,本研究目的是精確解析植物干旱耐受相關轉錄因子ASR1調控的基因座位點。ASR1是植物界(擬南芥除外)獨有的調節因子,可緩解缺水引起的脅迫。但是ASR1的靶基因仍然不清楚,本文檢測西紅柿中與ASR1蛋白虎作的特殊基因座位點。

         

        研究方法

        采用高質量的anti-ASR1抗體,通過CHIP沉淀西紅柿葉片中的DNA、序列,然后進行高通量的DNA測序分析。


        研究結果

        1.鑒定到新的靶基因庫,其中一些基因明確參與干旱脅迫響應;

        2.ASR1富集到的一些基因,編碼細胞壁合成相關蛋白和水通道蛋白;

        3.鑒定到超強一致性的ASR1互作DNA元件。

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