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        基因組de novo測序

        作者:小編 更新時間:2022-05-05 點擊數:

          即基因組從頭測序,是對基因序列未知物種通過測序的方法獲得其全基因組序列?;蚪M從頭測序最早采用的是Sanger測序技術,也就是所謂的一代測序技術,其讀長約1k,相對而言,建庫過程異常繁瑣,耗費周期長,成本較高。隨著二代測序技術的成熟,Illumina Solexa為代表在基因組測序中已經步入主流。相較于一代,Illumina Solexa平臺具有高通量、高準確率以及單位成本低等特點。


          按照不同動植物的物種特點和基因組復雜程度,基因組可分為簡單基因組和復雜基因組。
          簡單基因組:主要指重復序列比例低于50%的單倍體或高純合二倍體(雜合率低于0.5%),如大部分的哺乳類動物、鳥類和栽培作物等。
          復雜基因組:主要指重復序列比例高于50%、或雜合率高于0.5%的二倍體基因組,及多倍體基因組,如大部分林木、水產類和昆蟲等。而根據雜合度、重復序列的比例,二倍體復雜基因組又分為高雜合基因組、高重復基因組等。


        基因組拼接組裝統計
          提供基因組拼接的基本信息,包括原始數據統計、測序覆蓋度統計、Contig N50大小、基因組GC含量等信息。

        基因組注釋
          包括基因預測、基因結構注釋、基因功能注釋(與Nt、Nr、Swiss-Prot、Interpro、GO、KEGG等數據庫進行同源比對)、重復序列分析及ncRNA注釋等。

        基因功能分類
          包括GO富集分析、KEGG通路分析等。

        進化分析
          包括共線性分析,大片段復制分析,物種進化樹

        1. 采用Illumina HiSeq測序平臺,通量高、準確度高、單位數據成本低;
        2. 嚴格的數據質量控制
        3. 豐富的各類物種組裝經驗

        技術路線

          應選擇純合或雜合度盡可能小的樣品(雜合度<0.5%)的個體進行基因組測序。
          植物:需要黑暗無菌條件下培養的黃化苗、組培苗。選擇純合或雜合度盡可能小的樣品(雜合度<0.5%)。
          動物:應在含脂肪較少的肌肉、血液等部位取樣,盡量選擇同一個體取樣,以減少個體差異性對后續拼接的影響。 樣本的性別決定模式是XY型,則盡量選擇雌性個體(XX型),如果是ZW型,則盡量選擇雄性個體(ZZ型)。


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        飛凡檢測致力于打造國內專業的第三方檢測服務公司,不斷優化整合市場檢測資源,飛凡檢測與多家科研院所,如上海同濟大學,蘇州大學,SGS,TUV,以及國內眾多知名的檢測公司進行深度合作,共同為國內制造業服務,為中國的制造業開拓海外市場保駕護航,為我們日常生活的健康安全樹立標桿;公司目前工程師百余人,95%以上是本科以上學歷;我們合作的實驗室通過CNAS,CMA(EZ),所出具的任何一張報告都有CNAS,CMA資質,確保出具的每份報告都具有權威的法律效力。



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